Hantavirus Ñuble — Compendio de Investigación (v1.3)

Research compendium bringing together pre-registration materials and declarations associated with two companion manuscripts in preparation that share the same investigator group, the same geographical region (Ñuble, Chile), and the same One Health conceptual framework, but rest on partially distinct data sources and address independent scientific questions: -P1 (Emerging Infectious Diseases, CDC): ecological-epidemiological analysis built from regional surveillance data granted by the Regional Ministerial Health Secretariat of Ñuble (SEREMI) under Chile's Law 20.285 on Access to Public Information (Transparency Act); confirmed SCPH case counts per commune from 2002 to 2024, integrated with public satellite products to evaluate the One Health hypothesis of *Chusquea quila* flowering → *Oligoryzomys longicaudatus* outbreak → human SCPH cases. Unit of analysis: commune-month. P2 (Revista Chilena de Infectología, SOCHINF): clinical analysis built from the electronic and bibliographic records of the Hospital Clínico Herminda Martín (HCHM) in Chillán, corresponding to the clinical charts of patients admitted with confirmed hantavirus infection between 2012 and 2024 (n=36 confirmed admissions). The manuscript delivers a clinical workflow for suspicion, bedside stabilization and referral designed for rural high-endemicity settings, and predictive diagnostic rules (Gate A + Gate B) for early diagnosis using triage variables. Unit of analysis: patient-admission. Full details of authorship architecture (seven authors meeting all four ICMJE criteria), ethics approval (CEC-HCHM N°202501-25 with extension valid through 30 June 2026), declaration of interests, AI-assistance disclosure compliant with ICMJE 2024, COPE 2024 and WAME 2023-2025 (Type 1 use only, restricted to code debugging), and data availability statement (FORCE11-compliant tripartite DAS) are provided in the README file in Spanish within this repository. Lock date: 2026-04-22. Publication date: 2026-04-23. Concept DOI (stable, all versions): 10.5281/zenodo.19425752 - resolves always to the latest version. Compendio de investigación que reúne los materiales de pre-registro y declaración asociados a dos manuscritos en preparación que comparten el mismo grupo investigador, la misma región geográfica y un mismo marco conceptual One Health, pero que se sustentan en fuentes de datos parcialmente distintas y responden a preguntas científicas independientes: P1 (Emerging Infectious Diseases, CDC): análisis ecológico-epidemiológico construido a partir de datos otorgados por la SEREMI de Salud de Ñuble en el marco de la Ley 20.285 sobre Acceso a la Información Pública (conteos de casos confirmados de SCPH por comuna 2002-2024 y georreferenciación parcial, sin información identificable a nivel individual), integrados con productos satelitales públicos para evaluar la hipótesis One Health de la cascada floración de *Chusquea quila* → brote de *Oligoryzomys longicaudatus* → casos humanos de SCPH. Unidad de análisis: comuna-mes. - P2 (Revista Chilena de Infectología, SOCHINF): análisis clínico construido a partir de los registros electrónicos del Hospital Clínico Herminda Martín de Chillán, correspondiente a las fichas clínicas de los pacientes diagnosticados con infección por hantavirus atendidos en este establecimiento entre 2012 y 2024 (n=36 admisiones confirmadas). El manuscrito presenta un análisis del manejo clínico en el Servicio de Urgencia y dos productos derivados: (i) un flujo de trabajo clínico para la sospecha, estabilización inicial al lado de la cama y derivación, diseñado para regiones rurales y de alta endemia; y (ii) reglas predictivas de diagnóstico precoz (Gate A + Gate B) basadas en variables disponibles en triage. Unidad de análisis: paciente-admisión. Aunque ambos manuscritos comparten la región geográfica y un grupo de investigación común, las fuentes primarias son distintas. Existe solapamiento parcial esperable dado que el HCHM es centro de referencia regional. Esta superposición está declarada en las cover letters de ambos manuscritos para cumplir con las condiciones COPE de transparencia para publicaciones companion (Wager 2011; flowcharts COPE 2020). Arquitectura de autoría: los siete autores cumplen los cuatro criterios ICMJE de autoría. Gonzalo Contreras Vega es el primer autor, autor de correspondencia e investigador principal científico de ambos manuscritos por su contribución intelectual mayor (concepción de la hipótesis One Health, diseño analítico, ejecución, redacción y gestión editorial). Los seis coautores restantes contribuyen sustantivamente como coautores plenos. Cada manuscrito tiene su propio orden de byline según la magnitud específica de la contribución a esa publicación particular. Aprobación ética: el componente clínico (P2) está cubierto por la aprobación CEC-HCHM N°202501-25 (ORD N°05 del 04-mar-2025, con extensión ORD N°01 vigente hasta el 30-jun-2026). La carta de propuesta del proyecto presentada al comité fue redactada conjuntamente por Contreras Vega, Vidal Castillo y Vásquez Sandoval, y fue presentada formalmente ante el CEC-HCHM por el Dr. Vidal en representación del grupo de investigación, por motivos administrativos. El componente ecológico (P1) está exento por uso de datos agregados públicos. Divulgación de uso de IA: los autores incorporamos asistencia de Claude (Anthropic, modelos claude-sonnet-4-6 y claude-opus-4-7) acotada exclusivamente al Tipo 1 de la clasificación WAME (procesamiento de código): apoyo para corrección de errores en scripts de R y de Google Earth Engine. No utilizamos IA generativa para redactar el manuscrito, generar ideas, generar hipótesis, realizar análisis, producir tablas, figuras o cualquier contenido científico. El marco One Health del proyecto fue desarrollado y presentado por el investigador principal en seminario en el HCHM el 8 de marzo de 2024, aproximadamente 21 meses antes de la incorporación de asistencia de IA. Cumplimiento explícito de ICMJE 2024, COPE 2024 y WAME 2023-2025 (ver §7 del README). Disponibilidad de datos: ver §8 del README (DAS tripartito conforme a FORCE11). Los datos clínicos a nivel individual no se distribuyen por restricciones de la Ley 19.628 de Chile. Lock date: 2026-04-22. Publication date: 2026-04-23. El intervalo corresponde a verificación final de la arquitectura de autoría con los siete coautores.