개에서의 스크리닝 도구로서의 전체 엑손 시퀀싱: 파일럿 연구

배경: 전체 엑손 시퀀싱(WES)은 단백질 코딩 유전자의 모든 엑손을 선택적으로 시퀀싱하는 데 사용됩니다. WES는 단백질 코딩 영역에서 표현형과 연관된 변이를 식별하기 위한 비용 효과적이고 직접적인 접근법으로 간주되며, 전통적 Sanger 시퀀싱과 전체 유전체 시퀀싱(WGS) 사이에 위치합니다. WES는 이미 인간 및 의학 유전학에서 임상 도구로 널리 사용되고 있지만, 수의학에서는 현재 연구 목적에 제한되어 있습니다. 본 연구에서는 수의학 임상 유전학에서의 향후 응용 가능성을 염두에 두고 WES 설계의 기본 성능 특성을 제공하는 것을 목표로 하였습니다. 방법: 개의 임상 환경에서 WES의 가능성을 평가하기 위해 49개의 개 샘플이 352개의 알려진 표현형과 연관된 변이의 존재를 캡처, 시퀀싱 및 분석하기 위해 수립되었습니다. 시퀀싱 성능은 크기와 위치에 따라 세 가지 유형의 변이에 대해 비교되었습니다: 엑손 내 단일 뉴클레오타이드 변이(SNV), 엑손 내의 더 큰 인델 변이(≤20 bp) 및 인트론 변이. 결과: 평균적으로 49개 샘플에서 각각 엑손 SNP의 85%와 더 큰 변니의 82%가 ≥ 10배의 시퀀싱 깊이로 시퀀싱되었습니다. 가장 잘 수행된 샘플에서는 엑손 SNP의 94%가 최소 10배 동안 커버되었으며, 가장 성능이 낮은 샘플에서도 여전히 71%의 엑손 SNP가 평균 시퀀싱 깊이가 10배 이상이었습니다. 결론: 우리가 아는 바에 따르면, 이는 임상 유전학에서 사용될 경우 연구 목적의 WES 설계의 성능에 대해 설명한 첫 번째 보고서입니다. 본 연구는 WES가 초기 설계에 포함되지 않았던 타겟 영역 내의 변이를 포함하여 변이를 검출하는 데 높은 효율성을 나타냈음을 발견하였습니다. 그러나 성능은 다양한 변이에 따라 달라졌습니다. 다음 단계는 결과를 개선하기 위한 향상된 설계 및 설정 개발이 될 것입니다.