몇몇 포유류 종과 몇 가지 먼 관계의 유기체를 위한 다단백 서열에서의 분기 시점 추정

두 종 간의 분기 시간을 추정하기 위해 많은 단백질 서열이 이용 가능할 때, 각 단백질 별로 시간을 개별적으로 추정한 후 모든 단백질의 평균을 최종 추정값으로 사용하는 것이 일반적입니다. 그러나 이 추정값은 일반적으로 상향 편향이 있으며, 연결된 서열을 기반으로 한 거리를 사용함으로써 편향 없는 추정값을 얻을 수 있음을 보여줄 수 있습니다. 우리는 평균 감마 거리(서열 길이로 가중치 적용, d(2))와 다단백 감마 거리(d(3))라는 두 가지 연결 기반 거리가 다른 연결 기반 거리보다 일반적으로 더 만족스러운 결과를 제공함을 보여주었습니다. 104개의 단백질 서열에 대해 이 두 거리 측정을 사용하여 쥐와 쥐 사이의 분기 시간을 약 3300만 년 전으로 추정했습니다. 유사하게, 인간과 설치류 간의 분기 시간은 약 9600만 년 전으로 추정되었습니다. 우리는 또한 진핵생물, 원생생물, 식물, 곰팡이 및 동물의 서열 데이터를 사용하여 통계적 방법 및 여러 가정에 대한 시간 추정치의 의존성을 조사했습니다. 진핵생물과 진핵생물 간, 원생생물과 다른 진핵생물 간, 식물, 곰팡이 및 동물 간의 분기 시간에 대한 우리의 최상의 추정값은 각각 30억, 17억, 13억 년 전이었습니다. 그러나 고대 분기 시간의 추정값은 분자 시계의 불확실성, 수평 유전자 전이, 서열 정렬 오류 등으로 인해 상당한 양의 오류에 영향을 받을 수 있습니다.