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전사 조절이 더욱 복잡해진다. DNA 결합 단백질의 서열 선호는 세포가 게놈을 해석하는 주요 메커니즘이다. 게놈 생물학의 주요 목표 중 하나는 게놈에서 조절 서열을 식별하는 것이지만, 몇몇 단백질의 DNA 결합 특이성이 포괄적으로 특징 지어지지는 않았다. Badis 외 (p. 1720, 5월 14일 온라인 게재)는 마우스 게놈의 22개 구조 클래스에 걸쳐 104개의 알려진 및 예측된 전사 인자(TF)를 연구했다. 전통적인 TF 결합 부위 모델은 매우 유사한 DNA 서열의 단일 집합을 기반으로 하지만, 결합 프로필은 여러 모티프에 의해 더 잘 표현되었다. 대략 절반의 TF는 서로 다른 고유 및 이차 모티프를 인식하였다. 이러한 상호작용 방식 중 적어도 일부는 생물물리학적으로 뚜렷한 단백질 형태에 기인하는 것으로 보이며, 이는 전사 조절의 복잡성을 더한다.
Badis 외 (목요일,)은 이 질문을 연구하였다.