심혈관 질환 유전학을 위한 프로모터 상호작용 맵

500개 이상의 유전적 위치가 심혈관 질환(CVD)의 위험과 관련되어 있으나, 대부분의 위치는 유전자에서 먼 비암호화 영역에 위치하며 그 대상 유전자는 알려져 있지 않습니다. 여기에서 우리는 인간 유도 다능성 줄기 세포(iPSCs)와 iPSC 유래 심장근육세포(CMs)에서 고해상도 프로모터 캡처 Hi-C(PCHi-C) 맵을 생성하여 CVD 연관성의 기능적 대상을 식별하고 우선순위를 매길 수 있는 자원을 제공합니다. 우리는 프로모터가 조직 특이적 전사 인자 모티프가 풍부한 먼 서열과 선호적으로 접촉하며 유전자 발현의 동적 변화와 상관관계가 있는 크로마틴 표식이 풍부하다는 것을 증명함으로써 이 맵을 검증합니다. CM PCHi-C 맵을 사용하여 1999개의 CVD 관련 SNP를 347개의 대상 유전자와 연결했습니다. 놀랍게도 90% 이상의 SNP-대상 유전자 상호작용은 가장 가까운 유전을 포함하지 않았으며, 40%의 SNP는 최소 두 개의 유전자와 상호작용하여 질병 위치의 기능적 대상을 해석할 때 장거리 크로마틴 상호작용을 고려하는 것이 중요함을 시사합니다.