앰버에서 빠르고 정확한 QM/MM 포텐셜 방법의 구현

앰버 시뮬레이션 프로그램의 버전 9에는 새로운 준 경험적 하이브리드 QM/MM 기능이 포함되어 있습니다. 여기에는 암시적 용매(일반화 본) 및 새로운 QM/MM 구현을 사용한 주기적 명시적 용매 시뮬레이션에 대한 지원이 포함됩니다. 이 코드는 많은 나노초 동안 일정 에너지 QM/MM MD 시뮬레이션을 실행할 수 있을 만큼 충분히 정확한 기울기를 제공합니다. QM/MM 경계를 처리하는 데 사용되는 링크 원자 접근 방식은 성능이 향상되었으며, 사용자 인터페이스는 고전 MD 시뮬레이션에 맞추기 위해 다시 작성되었습니다. PM3, PDDG/PM3, PM3CARB1, AM1, MNDO 및 PDDG/MNDO 준 경험적 해밀토니안뿐만 아니라 자가 일관성 전하 밀도 함수 조밀 결합(SCC-DFTB) 방법에 대한 지원이 제공됩니다. 성능이 향상되어 주기적 경계와 PME를 사용하는 명시적 용매화된 단백질 내 QM 시스템 71개의 원자에 대해 QM/MM을 사용할 경우 해당 고전 시뮬레이션의 CPU 시간의 두 배도 걸리지 않습니다. © 2007 Wiley Periodicals, Inc. J Comput Chem, 2008