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DNA 마이크로어레이를 이용한 유전자 발현의 글로벌 분석은 정상 조직과 질병 조직 간의 생물학적 특성의 차이를 찾기 위해 점점 더 많이 사용되고 있습니다. 이러한 연구에서는 정의된 임계값에서 벗어난 발현이 질병과 정상성을 특성화하는 유전적 서명을 만드는 데 일반적으로 사용됩니다. 마이크로어레이 분석에 적용된 임계값 매개변수가 이러한 유전적 서명의 내용을 변경할 것이라는 것은 자명하지만 임계값 선택이 마이크로어레이 기반 연구에서 내려진 근본적인 결론에 영향을 미칠 수 있는 정도는 밝혀지지 않았습니다. 우리는 최근 발표된 마이크로어레이 기반 연구에서 결론에 대한 임계값 선택의 민감성을 조사하기 위해 전문가 논리를 포함한 규칙에 의한 유전적 분석(GABRIEL) 플랫폼과 기존의 통계적 접근 방법을 사용했습니다. 본 논문의 초점은 Ramaswamy, S., Ross, K. N., Lander, E. S. & Golub, T. R. (2003) Nat. Genet. 33, 49-54의 연구 중 하나에서 임계값 결정의 영향을 분석한 것입니다. 이 연구에서는 1차 종양의 전이 가능성이 종양 내 세포의 대부분에 의해 부호화된다는 중요한 결론에 도달했습니다. 우리는 이 결론에 대한 지지가 유전자 발현 서명을 생성하는 데 사용된 임계값에 크게 의존한다는 것을 발견했습니다. 또한 임계값 선택이 서명에서 비무작위적으로 나타나는 유전자 기능 범주에 극적으로 영향을 미친다는 사실을 발견했습니다. 우리의 결과는 마이크로어레이 분석을 사용하여 작성된 생물학적 결론의 견고성을 다양한 임계값 매개변수를 사용하여 결론의 타당성을 검토하는 방식으로 일상적으로 평가해야 한다는 것을 제안합니다.
Pan et al. (금요일) 이 문제를 연구했습니다.