대규모 식중독 발생 중 두 Listeria monocytogenes 임상 분리주의 고속 유전체 시퀀싱

배경: 2008년 캐나다에서 Listeria monocytogenes 혈청형 1/2a로 오염된 즉석 섭취 육류 제품과 관련된 대규모 다수의 주에서 발생한 리스테리아증 발병이 발생했다. 발병 관련 분리주의 서브타입 결정은 펄스필드 젤 전기영동(PFGE)을 사용하여 두 개의 유사하나 구별되는 AscI PFGE 패턴을 밝혀냈다. 두 L. monocytogenes 분리주의 고속 파이로시퀀싱을 사용하여 주요 발병균주의 유전체 시퀀스를 신속하게 제공하고 PFGE 중에 단일 제한 효소 조각의 변화와 관련된 유전적 다양성의 정도를 조사했다. 결과: 염색체는 공통적으로 배열되어 있었으나 28개의 단일 뉴클레오타이드 다형성(SNP)과 33 kbp의 프로파지 포함하여 세 개의 인델이 있음을 포함한 차이점이 관찰되었다. 이러한 특성의 분포는 발병과 관련된 더 많은 임상, 환경 및 식품 분리주에서 평가되었으며, 이 비교는 세 가지 뚜렷하나 높은 관련성을 가진 균주가 이 전국적 발병에 관여했을 가능성을 나타냈다. 특히, 이 두 분리주에서는 다른 Listeria 유전체에서 관찰되지 않은 변형 및 배출 기능을 암호화하는 50 kbp의 가정된 이동 유전체 섬이 발견되었다. 결론: 고속 유전체 시퀀싱은 루틴 서브타이핑 방법으로 달성할 수 있는 것보다 발병 균주에 특징적인 유전적 특성의 더 자세한 실시간 평가를 제공했다. 이 연구는 최신 DNA 시퀀싱 기술이 높은 우선순위의 공공 보건 사건 동안 적용될 수 있음을 확인하며, 실험실은 이러한 필연성에 대비하고 분자 역학의 맥락에서 전체 유전체 시퀀스를 적절하게 분석하고 해석하는 방법을 평가해야 한다.