cisTEM, 단일 입자 이미지 처리를 위한 사용자 친화적인 소프트웨어

우리는 고해상도 전자 냉각 현미경 및 단일 입자 평균화를 위한 데이터 처리를 위해 cisTEM(전달 전자 현미경을 위한 계산 이미징 시스템)이라는 새로운 오픈 소스 소프트웨어를 개발했습니다. cisTEM은 작업 제출, 진행 상황 모니터링 및 결과 표시를 위한 그래픽 사용자 인터페이스를 특징으로 합니다. 이는 영화 처리, 이미지 초점 결정, 자동 입자 선택, 2D 분류, 무작위 매개변수에서의 초깃값 3D 맵 생성, 3D 분류, 고해상도 정제 및 재구성을 포함한 완전한 처리 파이프라인을 구현합니다. 이 중 일부 단계는 새롭게 개발된 알고리즘을 구현하고; 다른 단계는 이전에 발표된 알고리즘을 수정하여 사용합니다. 소프트웨어는 고급 CPU 기반 워크스테이션에서 전형적인 데이터 세트(2000개의 마이크로그래프, 200k – 300k 입자)의 처리를 반나절 이내에 할 수 있도록 최적화되었습니다. 이는 GPU 가속 처리와 유사합니다. 작업은 또한 대부분의 컴퓨팅 환경에 적응할 수 있는 유연한 실행 프로필을 사용하여 대형 컴퓨터 클러스터에서 예약할 수 있습니다. cisTEM은 cistem.org에서 다운로드할 수 있습니다.