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특정 환경 조건(예: pH, 이온 농도, 온도)에서 선택된 아프타머는 다른 맥락에서 사용될 때 친화도가 크게 감소하는 경향이 있습니다. 이는 혈액, 땀 또는 소변과 같은 독특한 화학적 특성을 가진 샘플 매트릭스에 노출되는 생의학적 응용에서 특히 문제를 일으킬 수 있습니다. 우리는 기존 아프타머를 원래 선택 조건과 화학 조성이 상당히 다른 샘플에서 사용하기 위해 적응시키기 위한 고처리량 스크리닝 절차를 제시합니다. 우리 그룹의 이전 작업을 바탕으로, 원하는 분석 조건 하에서 목표 결합을 위한 최대 10^7개의 고유 아프타머 변이를 스크리닝할 수 있는 수정된 DNA 시퀀서를 활용했습니다. 예를 들어, 우리는 높은 이온 농도 완충 용액에서 원래 선택된 글루코스 아프타머에 대해 보고된 11,628개의 단일 및 이중 치환 변이를 모두 스크리닝했습니다. 단일 라운드 스크리닝 후, 우리는 생리학적 조건에서 약 4배 증가된 친화도를 가진 아프타머 변이를 확인했습니다. 흥미롭게도 단일 염기 치환의 영향은 상대적으로 미미했지만 이중 변이체에서 상당히 더 큰 결합 개선이 관찰되어 변이 간의 협동 효과의 중요성을 강조했습니다. 이 접근법은 다양한 응용을 위한 다른 아프타머 및 환경 조건에도 일반화될 수 있어야 합니다.
Wan et al. (수요일)에 이 질문을 연구했습니다.