1031종의 인간 유전자 잠재적 프로모터 지역의 식별 및 특성화

전사 조절 메커니즘을 이해하려면, mRNA 시작 지점 근처에 위치한 프로모터를 식별하고 특성화하는 것이 필수적이다. 대량의 유전체 서열에서 프로모터를 식별하기 위해, 우리는 '올리고 캡핑' 방법으로 구축된 cDNA 라이브러리의 대규모 시퀀싱에 의해 결정된 mRNA 시작 지점을 사용하였다. 우리는 mRNA 시작 지점을 유전체 서열과 정렬하고, 1031개의 유전자에 대한 잠재적 프로모터 지역(PPRs)으로서 인접한 서열을 검색하였다. PPR 서열은 주요 프로모터 요소의 빈도를 결정하기 위해 검색되었다. 1031개의 PPR 중 329개(32%)는 TATA 박스, 872개(85%)는 개시 요소, 999개(97%)는 GC 박스, 663개(64%)는 CAAT 박스를 포함하고 있었다. 더욱이, 493개(48%)의 PPR는 CpG 섬에 위치하였다. CpG 섬의 빈도는 TATA(+)/Inr(+) PPR와 보편적으로 발현되는 유전자의 PPR에서 감소하였다. CGM2 유전자, DRA 유전자, TM30pl 유전자의 PPR에서는 매우 세포 특이적 발현 패턴을 보이며, E 박스의 합의 서열이 일반적으로 관찰되었다. PPR은 프로모터 SNP를 탐색하는 데에도 유용하였다.