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cis-조절 요소의 전사 인자 결합 부위(TFBS) 패턴을 식별하고 특성화하는 것은 도전 과제이지만, 유전체가 전사역학을 지시하는 규제 언어를 밝혀내는 가능성을 제시합니다. 여러 연구에서 규제 모듈이 양성 선택을 받고 있으며, 따라서 관련 종 간에 자주 보존된다는 것을 보여주었습니다. 이러한 진화 원리를 사용하여, 우리는 비부호화 서열의 규제 잠재력을 분석하기 위한 비교 도구인 rVISTA를 만들었습니다. 기능적 비부호화 서열을 실험적으로 식별하는 우리의 능력은 매우 제한적이므로, rVISTA는 생물학적으로 관련성이 적은 TFBS를 제거하기 위한 강력한 접근 방식을 제공하여 유전체 분석의 큰 공백을 채우려고 합니다. rVISTA 도구는 TFBS 예측, 서열 비교 및 군집 분석을 결합하여 진화적으로 보존되며 특정 유전체 서열 내에서 특정 구성으로 존재하는 비부호화 DNA 영역을 식별합니다. 여기에서는 zPicture 및 blastz 정렬 프로그램 모두에서 생성된 정렬을 처리하거나 ECR 브라우저 및 GALA 데이터베이스에서 제공되는 여러 척추동물 유전체의 사전 계산된 쌍 비교 정렬을 사용할 수 있는 rVISTA 도구의 새로 개발된 2.0 버전을 선보입니다. rVISTA 웹 서버는 TRANSFAC 데이터베이스와 밀접하게 연결되어 있어 사용자가 TRANSFAC 라이브러리 수집에 있는 매트릭스를 검색하거나 사용자 정의한 합의 서열을 검색할 수 있습니다. rVISTA 도구는 http://rvista.dcode.org/에서 공개적으로 제공됩니다.
Loots 외 (목요일) 이 질문을 연구했습니다.