전사 조절 네트워크를 생성하기 위한 시스템: 전사의 조합적 제어

비표라: 우리는 인공 조절 네트워크에서 전사 전 조합론을 설명하는 미분 방정식을 자동으로 생성하기 위한 새로운 소프트웨어 시스템인 조합적 제어를 통한 조절 네트워크 생성기(REgulatory Network generator with COmbinatorial control, RENCO)를 개발하였습니다. RENCO는 다음과 같은 이점을 가지고 있습니다: (a) 전사 인자들 간의 단백질-단백질 상호작용을 명시적으로 모델링, (b) 표적 유전자에 대한 전사 인자의 조합적 제어를 포착, (c) 이러한 방정식을 기존의 시뮬레이터에 직접 가져올 수 있게 해주는 시스템 생물학 마크업 언어(SBML) 형식으로 출력을 생성합니다. 단백질 상호작용의 명시적 모델링은 RENCO가 기존 모델에 비해 전사 기계 장치의 기계적 세부 정보를 더 많이 포함할 수 있게 하고 조절 네트워크 추론 알고리즘의 더 나은 평가를 제공할 수 있습니다. 가용성: RENCO는 C++ 명령줄 프로그램으로, http://sourceforge.net/projects/renco/ 에서 사용할 수 있습니다.