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우리는 유리 에너지 섭동 시뮬레이션 방법인 유리 에너지 섭동/복제 교환과 용질 템퍼링을 적용하여 단백질과 리간드에서 각각 중요한 형태 변화로 이어지는 두 가지 단백질-리간드 복합체 수정에 대해 연구합니다. 이 접근법은 높은 유리 에너지 장벽이 초기 및 최종 형태를 분리하는 이러한 어려운 사례에서 샘플링을 용이하게 하고, 결과의 일관성(시작 형태와 독립성) 및 실험적 결합 친화도 데이터와의 일치를 통해 유리 에너지의 우수한 수렴으로 이어짐을 보여줍니다. 두 번째 사례는 이 흥미로운 제약 대상에 대한 최근 약리학 프로그램에서 가져온 두 가지 중성 트롬빈 리간드로 구성되며, 복잡한 대형 리간드에 대해 좋은 결과를 얻을 수 있음을 보여준다는 점에서 특히 중요합니다. 트롬빈 사례에서 실험과의 정량적 일치를 달성하기 위해, 이전 대안에 비해 우수한 전하 및 비틀림 매개변수를 제공하는 차세대 힘 장치인 액체 시뮬레이션을 위한 최적화된 잠재력 2.0이 필요합니다.
Wang et al. (Mon,) 이 질문을 연구했습니다.