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FRED, DOCK 및 Surflex를 결합한 다단계 가상 리간드 스크리닝(VLS) 절차를 제안하여 네 가지 서로 다른 단백질의 주머니를 스크리닝하는 프로토콜이 개발되었습니다. 한 가지 목표는 "학술 사용자에게 무료로 제공되는 패키지의 결합"이 도킹/스코어링 정확도와 CPU 시간 소모에 미치는 영향을 평가하는 것이었습니다. 49개의 알려진 활성 화합물을 포함하여 총 65,660개의 화합물 은행이 생성되었습니다. 우리의 절차는 도킹/스코어링 매개변수가 결합 주머니의 특성에 따라 조정되고 유연한 도킹 이전에 형태 기반 필터링 도구가 적용되기 때문에 성공적입니다. 얻어진 풍부화 계수는 최근 연구에서 보고된 것과 일치합니다. 우리는 합의 도킹/스코어링이 일부 약물 발견 프로젝트에 가치가 있을 수 있다고 제안합니다. 현재 프로토콜은 하나의 프로세서에서 한 수용체에 대해 전체 은행을 일주일 이내에 처리할 수 있으므로 대규모 컴퓨터 자원 없이도 VLS 실험을 수행할 수 있음을 시사합니다.
Miteva et al. (화요일) 이 질문을 연구했습니다.