고밀도 올리고뉴클레오타이드 배열에서의 발현 비율 노이즈 구조의 실증적 특성화

배경: 고밀도 올리고뉴클레오타이드 마이크로어레이는 차등 mRNA 발현 수준을 평가하는 강력한 도구를 제공합니다. 효소 및 하이브리드화 단계에서 발생하는 노이즈를 특성화하는 것은 중요도 측정을 차등 발현 점수에 귀속시키기 위해 필수적입니다. 우리는 발현 비율에 대한 점수 함수와 관련된 품질 측정을 소개합니다. PM(퍼펙트 매치) 프로브와 PM-MM 차등(MM은 단일 미스 매치)은 원시 강도로 간주됩니다. 그런 다음 강도의 의존적 분산에 대한 강력한 추정치를 사용하여 로그-비율 노이즈 구조를 특성화합니다. 결과: 우리는 얻은 비율과 해당 품질 측정 간의 관계를 보여줍니다. PM 및 PM-MM 방법의 상호 보완성은 프로브 세트의 신호 대 노이즈 측정에 의해 강조됩니다. 대규모 복제 실험 세트를 사용하여, 우리는 로그-비율의 노이즈 구조가 PM 및 PM-MM 사례 모두에서 지역 로그 정규 분포를 매우 밀접하게 따름을 입증합니다. 따라서 유형 I 노이즈에 대한 중요성은 지역 표준 편차를 사용하여 신뢰성 있게 정량화할 수 있습니다. 우리는 표준 편차의 강도 의존성에 대해 논의하고 비율 점수 >1.25가 중간에서 고강도 범위에서 중요하다는 것을 보여줍니다. 결론: 고밀도 올리고뉴클레오타이드 배열에 내재된 비율 노이즈 구조는 특성 강도 의존성을 가진 지역 로그 정규 비율 분포 측면에서 잘 설명될 수 있습니다. 따라서 이러한 분포의 지역 표준 편차에 대한 강력한 추정치는 차등 유전자 발현에서 중요성을 평가하는 간단하고 강력한 방법을 제공합니다(유형 I 노이즈에 상대적으로). 이러한 접근 방식은 일반적인 하이브리드화 실험에서 예측의 신뢰성을 개선하는 데 도움이 될 것입니다.