유전자 발현 데이터에서 차별적으로 발현된 유전자에 신뢰도를 부여하여 패턴 생성

동기: 하이브리드화 배열 실험의 모음에 나타난 유전자에 발현 패턴을 부착하는 프로토콜이 설명된다. 이산 값이 사용되어 차별 발현에 대한 쉽게 해석 가능한 설명을 제공한다. 각 샘플 유형에 대한 임계값은 차별 발현 예측을 위한 원하는 위양성 비율에 따라 자동으로 선택된다. 관찰된 수준의 변화가 실제 발현의 변화를 나타내는지에 대한 신뢰 수준이 도출된다. 우리는 이 신뢰를 계산하기 위한 새로운 방법을 가지고 있으며, 이는 표준 방법보다 더 나은 결과를 제공한다. 우리의 방법은 많은 복제들로 몇몇 유전을 연구하는 것에서 상대적으로 적은 복제를 가진 많은(아마도 수천 개의) 유전을 동시에 연구하는 것으로의 초점 변화가 반영된다. 우리의 접근 방식은 배열에 많은 유전이 있다는 사실을 이용하여 표준 방법과 다르다. 이것들은 각 샘플 유형에 대한 적절한 분포를 추정하는 데 사용되며, 예측의 위양성 비율을 조절하는 데 사용된다. 이 방법을 사용하면 두 개의 복제만으로도 만족스러운 결과를 얻을 수 있다. 결과: 이 방법은 매크로 어레이 및 마이크로 어레이 데이터셋에 대한 응용을 통해 설명된다. 첫 번째는 우리가 나일론 필터 어레이를 사용하여 생성한적혈구 발달 데이터셋이다. 이 세포에서 발현이 알려진 유전자에 대한 클론은 기대에 부합하는 발현 패턴이 할당되었으며 표준 방법으로는 포착되지 않는다. 게다가, 정상 세포와 백혈병 세포 간에 차별적으로 발현된 유전자가 확인되었다. 여기에는 백혈병 세포의 분화 유도에 따라 발현이 변화된 유전자가 포함된다. 두 번째 응용은 Alizadeh 외(2000)의 마이크로어레이 데이터에 대한 것이다. 우리의 결과는 그들의 주요 발견과 일치하며, 예측에 대한 신뢰 측정을 제공한다. 이들은 또한 추가 분석을 위한 새로운 통찰을 제공한다.