파이프라인에서 병상까지: 임상 메타유전체학의 발전과 도전

차세대 염기서열 분석(NGS) 기술은 감염병 분야에서 병원체 발견부터 약물 내성을 매개하는 유전자 특성화에 이르기까지 여러 분야를 혁신적으로 변화시켰습니다. 따라서 NGS 기술이 현재의 배양 기반 및 분자 미생물학 기법을 보완하거나 대체할 진단 방법의 영역에서 활용될 것으로 큰 기대를 모으고 있습니다. 이러한 맥락에서 기본 임상 샘플에서 직접 수행할 수 있는 가설 없는 배양 독립 테스트에 대한 많은 고려가 이루어졌습니다. 현재까지 달성된 이러한 보편적인 진단 방법의 가장 가까운 실현은 표적 증폭 및 공정성 없는 메타유전체 샷건 NGS 접근 방식에 기반하고 있습니다. 구현 및 분석의 세부 사항에 따라 이러한 접근 방식은 이전에 발견되지 않았거나 배양할 수 없는 유기체를 포함하여 바이러스, 박테리아, 곰팡이, 기생충 및 고세균을 감지할 수 있는 잠재력을 가지고 있습니다. 또한 샷건 메타유전체학 접근 방식은 독성 및 내성 유전 요소의 존재에 대한 정보를 제공할 수 있습니다. NGS를 임상 미생물학 연구소에서 사용하는 데 많은 제한 사항이 기술 비용의 감소, 확장된 정제된 병원체 염기 서열 데이터베이스 및 보다 나은 데이터 분석 도구로 극복되고 있지만, 이러한 방법의 일상적인 사용 및 구현에는 여전히 많은 도전 과제가 남아 있습니다. 본 리뷰는 감염병 진단 방법에 대한 표적 증폭 및 샷건 기반 메타유전체학 접근 방식의 최근 발전을 요약합니다. 기술적 및 개념적 도전을 고려하고, 이러한 기법의 향후 응용에 대한 기대를 논의합니다.