1287명의 환자로부터 얻은 마이크로어레이 데이터를 사용하여 난소암에서 생존과 연관된 바이오마커의 유전체 범위 검증을 위한 온라인 도구 구현

대규모 독립 환자 집단에서 예후 바이오마커의 검증은 난소암 연구에서 주요한 병목 현상입니다. 우리는 난소암 환자의 모든 마이크로어레이 정량화 유전자 발현 수준의 예후 가치를 평가하기 위해 온라인 도구를 구현했습니다. 먼저, Gene Expression Omnibus와 The Cancer Genome Atlas에서 다운로드한 1287명의 난소암 환자의 유전자 발현 데이터와 생존 정보를 사용하여 데이터베이스를 구축했습니다 (Affymetrix HG-U133A, HG-U133A 2.0, 및 HG-U133 Plus 2.0 마이크로어레이). 품질 관리 및 정규화 후, 모든 세 가지 Affymetrix 플랫폼에 존재하는 프로브만을 유지했습니다 (n=22,277). 선택된 유전자의 예후 가치를 분석하기 위해 우리는 유전자의 다양한 분위수 발현에 따라 환자를 두 그룹으로 나누었습니다. 이러한 그룹은 진행 없는 생존(n=1090) 또는 전체 생존(n=1287)을 사용하여 비교되었습니다. Kaplan-Meier 생존 플롯이 생성되었고 유의성이 계산되었습니다. 이 도구는 www.kmplot.com/ovar에서 온라인으로 접근할 수 있습니다. 우리는 문헌에서 식별된 37개의 바이오마커의 예후력을 검증하기 위해 이 통합 데이터 분석 도구를 사용했습니다. 이 중 CA125 (MUC16; P=3.7×10(-5), 위험 비율 (HR)=1.4), CDKN1B (P=5.4×10(-5), HR=1.4), KLK6 (P=0.002, HR=0.79), IFNG (P=0.004, HR=0.81), P16 (P=0.02, HR=0.66), 및 BIRC5 (P=0.00017, HR=0.75)가 생존과 연관되어 있었습니다. 여러 프로브 세트의 조합은 예측 효율성을 더 증가시킬 수 있습니다. 요약하자면, 우리는 1287명의 난소암 환자에서 22,277개의 유전자의 예후력을 평가하기 위해 모든 가용 마이크로어레이 데이터를 채굴하는 글로벌 온라인 바이오마커 검증 플랫폼을 개발했습니다. 우리는 이 도구를 사용하여 이전에 발표된 37개의 바이오마커가 난소암 예후에 미치는 영향을 평가했습니다.