CC + : PDB 구조와 AlphaFold2 모델에서 검증된 코일 코일의 검색 가능한 데이터베이스

초록 α-헬리컬 코일 코일은 단백질 구조의 일반적인 삼차 및 사차 요소입니다. 코일 코일에서는 두 개 이상의 α-헬리콘이 서로 감겨 번들 형성을 합니다. 이 외관상 간단한 구조적 모티프는 많은 아키텍처와 위상을 생성할 수 있습니다. 코일 코일 형성 서열은 소수성 및 극성 잔기의 7번 반복인 hpphppp에서 예측할 수 있지만, 이는 항상 신뢰할 수 있는 것은 아닙니다. 대안으로, 코일 코일 구조는 이웃 헬리콘의 측쇄 간의 핀(KIH) 포장을 찾는 프로그램 SOCKET를 사용하여 식별할 수 있습니다. SOCKET는 또한 코일 코일 아키텍처 및 위상을 분류하여 서열-구조 관계를 수집할 수 있도록 합니다. 2009년, 우리는 SOCKET를 사용하여 RCSB 단백질 데이터 뱅크(PDB)에서 코일 코일 구조의 관계형 데이터베이스인 CC +를 만들었습니다. 여기에서는 SOCKET(버전 Socket2)의 업데이트와 단백질 구조를 genome 서열로 예측하는 AlphaFold2의 성공과 구조 데이터의 최근 폭발을 따라 CC +의 업데이트를 보고합니다. 가장 엄격한 SOCKET 매개변수를 바탕으로, CC +는 실험적으로 결정된 구조에서 약 12,000개의 코일 코일 조합과 48개 프로테옴 전역에서 AlphaFold2에 의해 예측된 단일 체인 모델 내의 약 120,000개의 잠재적 코일 코일 구조를 포함합니다. CC +는 이러한 및 다른 상대적으로 덜 엄격하게 정의된 코일 코일을 다양한 구조, 서열 및 측쇄 상호작용의 수준에서 검색할 수 있도록 합니다. 식별된 코일 코일은 Socket2 응용 프로그램을 사용하여 CC +에서 직접 볼 수 있으며, 관련 데이터는 추가 분석을 위해 다운로드할 수 있습니다. CC +는 http://coiledcoils.chm.bris.ac.uk/CCPlus/Home.html에서 무료로 제공됩니다. 자동으로 업데이트될 것입니다. 우리는 CC+가 코일 코일 조합과 그 서열-구조 관계를 이해하고 단백질 설계 및 공학을 돕는 데 사용될 수 있을 것으로 예상합니다.