RNA 최근접 이웃 매개변수 분석은 상호 의존성을 드러내고 RNA 2차 구조 예측의 불확실성을 정량화합니다.

RNA 2차 구조 예측은 종종 새로 발견된 RNA 서열에 대한 구조-기능 관계에 대한 가설을 개발하고, 알려지지 않은 기능적 RNA를 식별하며, 서열을 설계하는 데 사용됩니다. 2차 구조 예측 방법은 일반적으로 가능한 구조의 자유 에너지 변화를 추정하는 열역학 모델을 사용하며, 이는 일련의 최근접 이웃 매개변수를 기반으로 합니다. 이러한 매개변수는 작은 모델 올리고뉴클레오타이드의 광학 용융 실험에서 유도되었습니다. 본 연구의 목표는 구조 예측의 정확성을 보다 잘 이해하는 것입니다. 여기에서는 광학 용융 실험에서 발생한 실험적 오류가 유도된 최근접 이웃 매개변수 값의 오류로 전파된 다음 RNA 2차 구조 예측의 오류로 전파되었습니다. 이 분석을 수행하기 위해, 광학 용융 실험 값은 실험 오류의 추정치 내에서 체계적으로 변경되었으며, 그 다음 이러한 오류에 제한된 값에서 대체 일련의 최근접 이웃 매개변수가 유도되었습니다. 변경된 매개변수 세트나 참조 매개변수 세트를 사용한 2차 구조 예측이 비교되었습니다. 이 작업은 RNA 2차 구조 예측의 정확성이 최근접 이웃 매개변수의 변경에 기반한 이전 연구에서 제안된 것보다 더 탄탄하다는 것을 보여주었습니다. 이러한 강건성은 매개변수 간의 상관관계 때문입니다. 또한 본 연구는 매개변수 불확실성의 정확한 평가를 어렵게 만드는 매개변수 유도에서의 약점을 확인했습니다. 이러한 약점을 완화하기 위한 실험 설계 고려 사항이 제공됩니다.