거대 분자 수용체 위치에서 유연 리간드의 구조적 분석

초록 유연 리간드의 방향 및 구조적 공간을 거대 분자 수용체 위치 내에서 탐색하기 위한 계산 방법이 제시된다. 이 접근법은 DOCK 알고리즘의 변형(Kuntz et al., J. Mol. Biol., 161, 288 (1982))을 사용하여 리간드 조각의 방향을 결정한다. 이러한 위치는 그 후 리간드의 나머지 부분의 구조적 공간을 탐색하기 위한 기초를 형성하며, 체계적인 검색 알고리즘을 사용한다. 검색은 수용체와의 상호작용에 반응하여 리간드 구조를 수정할 수 있는 방법을 포함하고 있다. 이 접근법은 두 개의 테스트 사례에 적용되며, 두 경우 모두 결정학적으로 결정된 구조가 얻어진다. 그러나 실험적으로 관찰된 것과 상당히 다른 대체 모델도 얻을 수 있다. 이러한 구조들 사이의 분자 간 상호작용의 다양한 측정 방법이 이들을 구별할 수 있는 능력에 대해 논의된다.