쌍방 접촉 잠재력은 단백질 접힘에 적합하지 않다

우리는 쌍방 접촉 잠재력만으로는 단백질의 고유 접힘을 예측할 수 없음을 보여준다. 이상적으로는 모든 단백질의 고유 접힘이 각각의 기초 상태인 보편적인 에너지 함수가 존재하기를 바랄 것이다. 여기서 우리는 훨씬 더 제한된 질문을 제기한다: 단일 단백질(크램빈)의 고유 접촉 맵의 에너지가 모든 가능한 물리적으로 실현 가능한 미끼 맵의 에너지보다 낮은 접촉 매개변수 집합을 찾는 것이 가능한가? 우리가 사용한 맵 세트는 에너지 최소화를 통해 도출되었다(스레딩이 아님). 우리는 퍼셉트론 학습을 통해 그러한 매개변수 집합을 찾고자 하며, 이는 존재할 경우 그러한 집합을 찾는 것이 보장되는 절차이다. 우리는 모든 대체 구조가 고유 맵의 에너지보다 높은 에너지를 부여할 접촉 매개변수를 미세 조정하는 것이 불가능하다는 것을 발견했다. 이 발견은 특정 단백질을 접히게 하는 데 사용할 수 있는 쌍방 접촉 잠재력이 존재하지 않음을 증명한다. 소수성(용해), 수소 결합 또는 다체 상호작용과 같은 추가 에너지 항을 포함하는 것이 특정 구조 계열 내에서 접힘 가능성을 달성하는 데 도움이 될 수 있다.