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20가지 자연 아미노산 잔기의 부피 소수성 특성은 4개의 구조적 분류인 알파 알파, 베타 베타, 알파 + 베타 및 알파/베타로 그룹화된 60개의 단백질 구조 데이터베이스에서 얻어졌다. 이로 인해 얻어진 소수성 계수는 평균 = 0.0 및 표준편차 = 1.0으로 정규화된 척도를 사용하여 Ponnuswamy의 원래 값과 비교된다. 대부분의 아미노산 잔기가 서로 다른 구조적 클래스에서 소수성 특성을 변화시키지 않지만, 그들의 행동은 평균화 방법이 동일한 구조적 클래스의 단백질만 고려해야 한다는 편리함을 제안하며 이 정보는 2차 구조 방법에 포함되어야 한다.
Cid 외 (1992)는 이 질문을 연구했다.