MeltDB: 대사체 실험 데이터의 분석 및 통합을 위한 소프트웨어 플랫폼

동기: 최근 대사체학의 발전은 세포 조절 과정의 최종 생성물인 수백 개의 대사물의 수준을 측정할 수 있는 가능성을 창출했습니다. 대사물을 측정할 수 있는 고속 분석 기기에서 샘플 획득 및 후속 분석의 자동화는 실험 데이터 세트의 체계적인 저장 및 계산 처리에 필수적입니다. 개별 기기 및 전처리 방법을 위한 많은 특화된 소프트웨어 시스템이 존재하지만, 대사체 실험에서 얻은 데이터의 표준화되고 통합된 저장 및 분석을 허용하는 무료이며 플랫폼에 독립적인 시스템이 명확히 필요합니다. 현재 원시 데이터 세트의 전처리를 지원하며, 기능 유전체학 맥락 내에서 고수준 통계 분석 결과를 시각화하고 통합할 수 있는 시스템은 존재하지 않습니다. 결과: 대사체 실험의 체계적인 저장, 분석 및 통합을 촉진하기 위해, 우리는 대사체 실험 데이터 세트의 분석 및 주석을 위한 웹 기반 소프트웨어 플랫폼인 MeltDB를 구현했습니다. MeltDB는 개방형 파일 형식(netCDF, mzXML, mzDATA)을 지원하며 기존 전처리 방법의 통합 및 평가를 용이하게 합니다. 이 시스템은 연구자들이 실험 데이터 세트를 일관되게 설명하고 저장할 수 있는 수단을 제공합니다. 대사체 데이터 세트에 대한 포괄적인 분석 및 시각화 기능이 웹 기반 사용자 인터페이스를 통해 커뮤니티에 제공됩니다. 이 시스템은 원시 데이터에서 지식 기반 배경에서 결과의 시각화까지의 과정을 포함하며, Bielefeld University의 기존 유전체 및 전사체 소프트웨어 플랫폼의 맥락으로 통합되어 있습니다. 우리는 실험 샘플을 통해 세 가지 서로 다른 탄소 원천이 측정된 대사물 수준에 미치는 영향을 분석하여 MeltDB의 잠재력을 입증합니다. 실험 데이터는 MeltDB 내에서 저장, 분석 및 주석 처리되며 공개 MeltDB 웹 서버를 통해 접근 가능합니다. 가용성: 이 시스템은 http://meltdb.cebitec.uni-bielefeld.de에서 공개적으로 이용 가능합니다.