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진핵생물의 유전자 발현 및 조절은 조절 단백질(활성화자 및 억제자 포함)의 프로모터 및 기타 cis-조절 DNA 요소에 대한 조화로운 결합에 의해 제어됩니다. 점점 더 많은 식물 유전체가 염기서열 분석되었으나, 인간 유전체의 모든 기능적 요소를 식별하는 것을 목표로 한 ENCODE 프로젝트와 유사한 노력이 식물에서 아직 시작되지 않았습니다. 여기에서는 모델 식물 아라비도시스 탈리아나에서 DNase I 고감응(DH) 사이트의 전 유전체 고해상도 지도화를 보고합니다. 우리는 각각 잎과 꽃 조직에서 38,290개와 41,193개의 DH 사이트를 확인했습니다. DH 사이트는 대량의 뉴클레오솜이 결핍되어 있었고 RNA 폴리머라제 II 결합 사이트와 밀접하게 연관되어 있었습니다. 두 개의 잘 특성화된 MADS 도메인 전사 인자(APETALA1 및 SEPALLATA3)의 결합 사이트의 약 90%가 DH 사이트에 의해 덮여 있었습니다. 우리는 특정 유전체 영역 내의 단백질 결합 발자국을 알려진 또는 추정되는 단백질 결합 모티프 및 유전자 발현 데이터 세트와 결합된 DH 사이트 데이터 세트를 사용하여 폭로할 수 있음을 증명하였습니다. 따라서 전 유전체 DH 사이트 지도화는 식물에서 모든 cis-조절 DNA 요소를 체계적으로 식별하는 중요한 도구가 될 것입니다.
장 외(선,)은 이 질문에 대해 연구했습니다.