توقع تخطيط البروتينات الغشائية من المبادئ الأساسية

تستند أفضل طرق توقع تخطيط البروتينات الغشائية الحالية عمومًا إلى إحصائيات التسلسل وتحتوي على مئات المعلمات التي تم تحسينها على تخطيطات معروفة للبروتينات الغشائية. ومع ذلك، نظرًا لأن إدخال الحلزونات العبور عبر الغشاء يعتمد على التفاعلات الجزيئية بين البروتين والدهون والماء، ينبغي أن يكون من الممكن التنبؤ بالتخطيط باستخدام طرق تعتمد مباشرة على البيانات الفيزيائية، كما اقترح كايت ودوليتل منذ أكثر من 20 عامًا. هنا، نقدم طريقتين بسيطتين لتوقع التخطيط باستخدام مقياس تجريبي تم نشره مؤخرًا لمساهمات الأحماض الأمينية المحددة حسب الموقع في الطاقة الحرة لإدخال الغشاء، والتي تؤدي بشكل متساوي مع أفضل متم predictors للتخطيط المستندة إلى الإحصائيات الحالية. تشير هذه النتيجة إلى أن توقع تخطيط وبنية البروتينات الغشائية مباشرةً من المبادئ الأساسية هو هدف يمكن تحقيقه، نظرًا لفهمنا المحسن حديثًا للتعرف على الببتيد بواسطة الترنسلوك."},{