가상 선정을 위한 분자 도킹 프로그램 평가

구조 기반 가상 선별은 분자 도킹 프로그램을 사용하여 수행됩니다. 현재 여러 가지 도킹 프로그램이 제공되고 있으며, 각 프로그램의 특성이나 성능을 모른 채 도킹 프로그램을 선택하는 것은 어렵습니다. 이 연구에서는 DOCK, AutoDock 및 GOLD의 세 가지 분자 도킹 프로그램의 스크리닝 성능을 116개의 표적 단백질로 평가했습니다. 스크리닝 성능은 전통적인 농축율 측정과 함께 두 가지 새로운 기준을 사용하여 검증되었습니다. 평가를 위해 각 도킹 실행은 리간드의 세 가지 초기 구성을 사용하여 1000번 반복되었습니다. 각 도킹 프로그램은 일부 측면에서 다른 도킹 프로그램에 비해 장점이 있지만, DOCK는 농축율에서 예상 외에 더 나은 스크리닝 성능을 나타냈습니다. 마지막으로, 우리는 도킹 프로그램의 스크리닝 성능을 향상시키기 위한 평가 결과를 바탕으로 여러 가지 권장 사항을 제시했습니다.