一种中性丢失激活方法，通过四极杆离子阱质谱改善磷酸肽序列分析

在质谱分析之前，磷酸肽富集的最新进展真正显示出对磷酸蛋白组表征的潜在前景。使用碰撞激活解离（CAD）的磷酸肽离子的串联质谱通常产生以磷酸的中性丢失为主的产物离子。在这里，我们描述了一种新方法，称为伪 MS(n)，用于四极杆离子阱质谱仪中的磷酸肽离子解离。该方法诱导通过激活前体离子后磷酸中性丢失所产生的产物离子的碰撞激活。因此，主要的中性丢失产物离子被转换为多种结构信息丰富的种类。由于原始前体激活和所有后续中性丢失产物激活所产生的产物离子同时存储，该方法生成一个包含来自多个前体的片段的“复合”光谱。与传统MS/MS(CAD)分析相比，伪MS(n)在10种合成磷酸肽中的7种显示出改善的磷酸肽离子解离，判定依据是一个自动化搜索算法(TurboSEQUEST)。在对单一磷酸蛋白酶解产生的肽应用伪MS(n)时也观察到类似的整体改善。最后，当应用于复杂的磷酸肽混合物时，在传统CAD方法下被TurboSEQUEST错误分配的几个磷酸肽在伪MS(n)分析后成功被识别。