Versión 4.0 de PaxDb: Datos de abundancia de proteínas, integrados a través de organismos modelo, tejidos y líneas celulares

La cuantificación de proteínas a escala del proteoma es un objetivo importante, que permite obtener información sobre la biología celular fundamental y sirve para restringir experimentos y modelos teóricos. Aunque la cuantificación a nivel del proteoma aún no es completamente rutinaria, muchos conjuntos de datos que se acercan a una cobertura a escala del proteoma están disponibles a través de técnicas biofísicas y de espectrometría de masas. Los datos de este tipo se pueden acceder a través de una variedad de fuentes, incluidos suplementos de publicaciones y repositorios de datos en línea. Sin embargo, el acceso a los datos sigue siendo fragmentario y las comparaciones entre experimentos y organismos no son sencillas. Aquí, describimos las actualizaciones recientes de nuestro recurso de base de datos "PaxDb" (Abundancias de Proteínas a Través de Organismos). PaxDb se centra en la información de abundancia de proteínas a nivel del proteoma, independientemente de la técnica de medición subyacente. Los datos de cuantificación se procesan, unifican y puntúan en calidad, y luego se integran para construir un meta-recurso. PaxDb también permite comparaciones evolutivas a través de relaciones de ortología génica precomputadas. Recientemente, hemos ampliado el alcance de la base de datos para incluir muestras de líneas celulares y escanear de manera más sistemática la literatura en busca de conjuntos de datos adecuados. Informamos que una fracción significativa de los experimentos publicados no se puede acceder fácilmente y/o analizar para obtener información cuantitativa, lo que requiere pasos y esfuerzos adicionales. La actualización actual lleva a PaxDb a 414 conjuntos de datos en 53 organismos, con información de abundancia (semi-)cuantitativa que abarca más de 300,000 proteínas.