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신기술은 대규모 유전체 및 단백질체 데이터 세트를 수집할 수 있게 해주었습니다. 그러나 현재의 분석 방법론은 데이터를 세포 네트워킹을 풀 수 있는 방식으로 해석할 수 있게 하지 않습니다. 우리는 세포 신호 및 유전자 네트워크에서 기능적 상호 작용을 결정하기 위한 정량적 방법을 제안합니다. 이 방법은 기계적 수준에서 세포 시스템을 탐구하는 데 사용되거나 "모듈형" 프레임워크 내에서 적용될 수 있으며, 이는 측정해야 할 변수의 수를 극적으로 줄여줍니다. 이 방법은 실험적으로 측정된 네트워크 응답에서 모든 모듈의 연속적인 교란에 대한 네트워크 연결의 위상과 강도를 어떻게 회수할 수 있는지를 보여주는 수학적 유도에 기반합니다. 중요하게도, 우리의 분석은 시스템의 구성 요소가 모두 알려지지 않았더라도 기능적 상호 작용을 드러낼 수 있습니다. 이러한 상황에서는 분석에 의해 회수된 일부 연결이 직접적이지 않고 식별되지 않은 요소를 통한 상호 작용 경로에 해당합니다. 이 방법은 모델링된 미토겐-활성화 단백질 키나제 경과 및 유전자 네트워크의 컴퓨터 생성 응답을 사용하여 테스트되고 설명됩니다.
Kholodenko 외 (목요일), 이 질문을 연구했습니다.