多座位配列タイピング：病原微生物集団内のクローン同定のための携帯可能なアプローチ

病原微生物の特徴付けに用いられる従来および分子タイピングスキームは、ラボ間で比較するのが難しい変異を索引化するため、持ち運び性に乏しい。これらの問題を克服するために、核酸配列データの明確な性質と電子的携帯性を利用した多座位配列タイピング（MLST）を提案する。MLSTを評価するために、侵襲性疾患患者および健康保因者から得られた107株のNeisseria meningitidisの参照セットにおいて、11のハウスキーピング遺伝子の約470塩基対断片の配列を決定した。各遺伝子座において、対立遺伝子に任意の番号を付与し、多座位対立遺伝子プロファイル間のペアワイズ差異からクラスタ解析により樹形図を作成した。得られた株の関連性は、多座位酵素電気泳動によって以前に判定されたクローングループと一致した。解像度と整合性を維持した6遺伝子断片のサブセットを選択した。血清群A、B、およびCの超病原性系統のほとんどの分離株はすべての遺伝子座で同一か、多数派タイプとの差異は単一の遺伝子座に限られた。したがって、6遺伝子座を用いたMLSTは侵襲性疾患に関連する主要な髄膜炎菌系統を確実に同定できる。MLSTは培養困難なものを含むほぼすべての細菌種や他の単相性生物に適用可能である。MLSTが他の分子タイピング法に比べ圧倒的に優れている点は、配列データがラボ間で真に持ち運び可能であることであり、種ごとに拡張可能な一つのグローバルデータベースがワールドワイドウェブサイトに設置され、インターネットを介した分子タイピングデータのグローバルな疫学的交換が可能になることである。