Análisis conformacional de proteínas: Algoritmos y estructuras de datos para el procesamiento de arreglos

Resumen Los esfuerzos actuales para determinar la naturaleza de las interacciones que influyen en el plegamiento de proteínas implican, entre otras cosas, la minimización de una función de energía conformacional empírica (ECEPP, Programa de Energía Conformacional Empírica para Péptidos) apropiada para obtener la estructura nativa. Debido al costo prohibitivo de un proyecto computacional tan masivo, ya sea en una máquina convencional a gran escala en una instalación autosuficiente o en un minicomputador dedicado, se ha desarrollado un sistema de hardware informático alternativo para ayudar en el análisis conformacional de proteínas. Consiste en un procesador de matriz Floating Point Systems AP‐120B y un host minicomputador Prime 350. Una versión de ECEPP ha sido adaptada para funcionar en el AP‐120B. Las estructuras de datos y algoritmos elegidos para esta versión reflejan la arquitectura paralela altamente inusual de esta máquina. Se han realizado comparaciones de referencia con BPTI (Inhibidor de Tripsina Pancreática Bovina), una proteína de 58 residuos y estructura conocida, en este sistema así como en un IBM 370/168. Muestran una ventaja significativa en velocidad para el sistema AP‐120B/Prime 350, así como un coste sustancialmente menor. Se informa sobre una minimización de energía de BPTI con 154 ángulos diedros variables, un esfuerzo que hasta ahora estaba prohibido por los costos computacionales involucrados.