PDBREDO: re-refinamento automatizado de modelos de estrutura de raios-X no PDB

A biologia estrutural, a modelagem por homologia e o design racional de fármacos exigem coordenadas macromoleculares tridimensionais precisas. No entanto, as coordenadas no Banco de Dados de Proteínas (PDB) não foram obtidas usando os mais recentes métodos experimentais e computacionais. Neste estudo, é apresentada uma metodologia para re-refinamento automatizado de modelos de estrutura existentes no PDB. Um grande benchmark com 16.807 entradas do PDB mostrou que elas podem ser melhoradas em termos de ajuste aos dados experimentais depositados de raios-X, bem como em termos de qualidade geométrica. O protocolo de re-refinamento utiliza modelos TLS para descrever o movimento coordenado de átomos. Os modelos de estrutura resultantes estão disponíveis através do banco de dados PDBREDO (http://www.cmbi.ru.nl/pdbᵣedo/). Técnicas de computação em grid foram utilizadas para superar os requisitos computacionais deste empreendimento.