DiRE: सह-व्यक्त जीन के दूरस्थ नियामक तत्वों की पहचान

यूकैरियोटिक जीनोम में जीन अभिव्यक्ति का नियमन एक जटिल सहकारी क्रिया के माध्यम से स्थापित होता है जिसमें निकटवर्ती प्रमोटर और दूरस्थ नियामक तत्व (REs) जैसे कि एन्हांसर, रिप्रेसर और साइलेंसर शामिल हैं। हमने एक वेब सर्वर विकसित किया है जिसका नाम DiRE है, जो एन्हांसर पहचान (EI) विधि पर आधारित है, उच्च युकैरियोटिक जीनोम में दूरस्थ नियामक तत्वों की भविष्यवाणी करने के लिए, अर्थात उनके गुणसूत्रों के स्थान और कार्यात्मक विशेषताओं का निर्धारण करने के लिए। यह सर्वर जीन सह-व्यक्त डेटा, तुलनात्मक जीनोमिक्स और ट्रांसक्रिप्शन फैक्टर बाइंडिंग साइट्स (TFBSs) की प्रोफाइल का उपयोग करता है ताकि TFBS-सम्बंधित हस्ताक्षरों का निर्धारण किया जा सके जिन्हें विशिष्ट नियामक कार्यों के भेद करने के लिए उपयोग किया जा सके। DiRE की अनूठी विशेषता यह है कि यह निकटवर्ती प्रमोटर क्षेत्रों के बाहर REs का पता लगा सकता है, क्योंकि यह खोज को करने के लिए पूर्ण जीन लोकेस का उपयोग करता है। DiRE किसी भी सेट के लिए सामान्य REs की भविष्यवाणी कर सकता है जिनके लिए उपयोगकर्ता को सह-व्यक्तता, सह-कार्य या अन्य जैविक रूप से महत्वपूर्ण समूह के बारे में पूर्व ज्ञान होता है। यह सर्वर उन कार्य-विशिष्ट REs की भविष्यवाणी करता है जिसमें विशेष रूप से संबंधित TFBS का समूह शामिल होता है और यह इनपुट जीन के समूह द्वारा साझा जैविक कार्य के साथ व्यक्तिगत ट्रांसक्रिप्शन फैक्टर्स (TFs) के संघ को भी स्कोर करता है। यह Array2BIO सर्वर के साथ एकीकरण उपयोगकर्ताओं को कच्चे माइक्रोएरे अभिव्यक्ति डेटा के साथ अपने विश्लेषण को शुरू करने की अनुमति देता है। DiRE वेब सर्वर फ्री में उपलब्ध है: http://dire.dcode.org।