육상 식물에서의 DNA 바코딩: 성공을 정량화하고 극대화하기 위한 기준 개발

식물에서 DNA 바코드를 선택하는 것은 상대적으로 접근 가능한 엽록체 마커에서 관찰되는 낮은 뉴클레오타이드 치환율 때문에 부분적으로 저해되어 왔습니다. 그러나 합의의 부재는 잠재적인 바코드 마커를 비교하기 위한 기준의 부족을 반영합니다. 많은 출판물들이 다양한 식물 DNA 바코드를 제안했지만, 이 연구들은 식물에서 DNA 바코드를 채택하는 데 관련된 단일 설득력 있는 근거를 제시하지 않아 서로를 정량적 또는 통계적 매개변수를 통해 쉽게 비교할 수 없습니다. 여기에서 우리는 특정 식물 DNA 바코드 선택의 효능이 쿼리 서열을 종으로 할당하는 데 있어 결과적으로 생성된 바코드 데이터베이스의 예상 성능을 반영해야 한다고 주장합니다. "데이터베이스 성능"과 관련된 기준에 대해 정당한 과학적 이견이 존재하지만, 이 개념은 선택 기준의 우선순위를 정하는 데 통합적인 근거를 제공합니다. 따라서 우리는 데이터베이스 성능의 근거를 기반으로 하는 바코드 효능의 척도인 "올바른 식별 확률" (PCI)을 제안합니다. 더불어, PCI의 정의는 DNA 바코드를 가장 잘 평가하는 방법에 대한 대부분의 과학적 이견을 처리할 수 있도록 충분히 유연하게 남겨져 있습니다. 마지막으로 우리는 다양한 유형의 바코드가 서로 다른 분석 방법과 데이터베이스 설계를 필요로 할 수 있음을 고려하며, 분석이 육상 식물에 가장 널리 효과적인 바코드 선택에 어떻게 영향을 미칠 수 있는지를 지적합니다.