एंटीसेन्स ओलिगोन्यूक्लियोटाइड्स और siRNA द्वारा उत्पन्न RNA क्लेवेज उत्पादों को RNA निगरानी मशीनरी द्वारा संसाधित किया जाता है

डीएनए-आधारित एंटीसेन्स ओलिगोन्यूक्लियोटाइड्स (ASOs) लक्षित RNA के क्लेवेज को एंडोराइबोन्यूक्लियेज RNase H1 द्वारा उत्प्रेरित करते हैं, जबकि siRNA RNAi पथ के माध्यम से क्लेवेज को मध्यस्थता करते हैं। कोशिकाओं में क्लेवेज किए गए RNA के भाग्य निर्धारित करने के लिए, हमने कोशिकाओं को ASOs या siRNA के साथ उपचारित करने से पहले RNA निगरानी में शामिल कारकों के स्तर को कम कर दिया और RACE द्वारा क्लेवेज उत्पादों का विश्लेषण किया। साइटोप्लास्मिक 5' से 3' एक्सोराइबोन्यूक्लेज XRN1 उन डाउनस्ट्रीम क्लेवेज उत्पादों के अपघटन के लिए जिम्मेदार था जो ASOs या siRNA द्वारा लक्षित mRNAs द्वारा उत्पन्न हुए। इसके विपरीत, न्यूक्लियर लंबे गैर-कोडिंग RNA Malat 1 और प्री-mRNA को लक्षित करने वाले ASOs द्वारा उत्पन्न डाउनस्ट्रीम क्लेवेज उत्पादों का अपघटन न्यूक्लियर XRN2 द्वारा किया गया। डाउनस्ट्रीम क्लेवेज उत्पाद 3' से 5' दिशा में अपघटित होते हुए नहीं दिखाई दिए, क्योंकि इन उत्पादों की अधिकांशता में पूरे poly(A) टेल थे और ये poly(A) बाइंडिंग प्रोटीन द्वारा बंधित थे। Malat1 के अपस्ट्रीम क्लेवेज उत्पाद 3' से 5' दिशा में एक्सोसोम कॉम्प्लेक्स द्वारा अपघटित होते हैं जिसमें न्यूक्लियर एक्सोराइबोन्यूक्लेज Dis3 शामिल है। Dis3 या साइटोप्लास्मिक Dis3L1 वाला एक्सोसोम कॉम्प्लेक्स mRNA अपस्ट्रीम क्लेवेज उत्पादों को अपघटित करता है, जो 5'-कैप बाइंडिंग कॉम्प्लेक्स द्वारा बंधित नहीं होते हैं और, परिणामस्वरूप, XRN एक्सोराइबोन्यूक्लेज द्वारा 5' से 3' दिशा में अपघटन के प्रति संवेदनशील होते हैं।