Hacia métodos de muestreo robustos y repetibles en estudios basados en eDNA

Las técnicas basadas en ADN se utilizan cada vez más para medir la biodiversidad (presencia de especies, identidad, abundancia y composición de la comunidad) de ecosistemas terrestres y acuáticos. Si bien hay numerosas revisiones de métodos moleculares y pasos bioinformáticos, ha habido poca consideración de los métodos utilizados para recolectar muestras en las que se basan estos pasos posteriores. Esto representa una brecha crítica en el conocimiento, ya que un muestreo de campo metodológicamente sólido es la base para los análisis subsecuentes. Revisamos los métodos de muestreo de campo utilizados para estudios de metabarcoding de la biodiversidad de ecosistemas tanto terrestres como de agua dulce durante un período de casi tres años (n = 75). Encontramos que el 95% (n = 71) de estos estudios utilizaron métodos de muestreo subjetivos y métodos de campo inapropiados y/o no proporcionaron información metodológica crítica. Sería posible que los investigadores replicaran solo el 5% de los estudios de metabarcoding en nuestra muestra, un nivel de reproducibilidad inferior al de los estudios ecológicos en general. Nuestros hallazgos sugieren que es necesario prestar mayor atención a los métodos de muestreo de campo y a la presentación de informes en estudios de biodiversidad basados en eDNA para garantizar resultados robustos y una futura reproducibilidad. Los métodos deben ser informados de manera completa y precisa, y se deben desarrollar protocolos que minimicen la subjetividad. La estandarización de los protocolos de muestreo sería una forma de ayudar a mejorar la reproducibilidad y tendría beneficios adicionales al permitir la compilación y comparación de datos provenientes de diferentes estudios.