xCell: retratando digitalmente a paisagem de heterogeneidade celular dos tecidos

Os tecidos são ambientes complexos compostos por numerosos tipos celulares. Vários métodos recentes tentaram enumerar subconjuntos celulares a partir de transcriptomas. No entanto, os métodos disponíveis usaram fontes limitadas para treinamento e dão apenas um retrato parcial da paisagem celular completa. Aqui apresentamos xCell, um método baseado em assinatura gênica, e o utilizamos para inferir 64 tipos de células imunes e estromais. Harmonizamos 1822 transcriptomas de tipos celulares humanos puros de várias fontes e empregamos uma abordagem de ajuste de curvas para comparação linear dos tipos celulares, introduzindo uma nova técnica de compensação de vazamento para separá-los. Usando análises in silico extensivas e comparação com a imunofenotipagem por citometria, mostramos que xCell supera outros métodos. xCell está disponível em http://xCell.ucsf.edu/.