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La búsqueda abierta ha demostrado ser una estrategia efectiva para identificar tanto modificaciones conocidas como desconocidas en experimentos de proteómica de tipo shotgun. En lugar de limitarse a un pequeño conjunto de modificaciones especificadas por el usuario, las búsquedas abiertas identifican péptidos con cualquier cambio de masa que puede corresponder a una sola modificación o a una combinación de varias modificaciones. Aquí presentamos PTM-Shepherd, una herramienta bioinformática que automatiza la caracterización de perfiles de modificaciones post-traducionales detectados en búsquedas abiertas basadas en atributos, como la localización de aminoácidos, similitud de espectros de fragmentación, cambios en el tiempo de retención y tasas de modificación relativas. PTM-Shepherd también puede realizar comparaciones multiexperimentales para estudiar cambios en los perfiles de modificación, por ejemplo, en datos generados en diferentes laboratorios o bajo diferentes condiciones. Demostramos cómo PTM-Shepherd mejora el análisis de datos de muestras fijadas en formaldehído e incrustadas en parafina, detecta una subalquilación extrema de cisteína en algunos conjuntos de datos, descubre una modificación artefactual introducida durante la síntesis de péptidos y revela sesgos específicos del sitio en los artefactos de preparación de muestras en un estudio multicéntrico de perfilado de proteómica.
Geiszler et al. (Tue,) estudiaron esta cuestión.