Formación de coacervados estudiada mediante dinámica molecular de grano grueso con solvente explícito utilizando el modelo Martini

Los coacervados complejos son sistemas separados por fases líquidas-líquidas, que generalmente contienen polielectrolitos de cargas opuestas. Se estudian ampliamente por sus propiedades funcionales, así como por su posible participación en la compartimentación celular como condensados biomoleculares. La difusión y el particionamiento de solutos en una fase de coacervado son importantes de abordar porque su naturaleza altamente dinámica es una de sus características funcionales más importantes en sistemas del mundo real, pero son difíciles de estudiar experimentalmente o incluso teóricamente sin una representación explícita de cada molécula en el sistema. Aquí, presentamos un modelo de dinámica molecular de grano grueso con solvente explícito de coacervados complejos, basado en el campo de fuerzas Martini 3.0. Demostramos la precisión del modelo al reproducir la coacervación dependiente de la sal de los sistemas de polilisina y poliglutamato, y mostramos el potencial del modelo al simular el particionamiento de iones y nucleótidos pequeños entre el condensado y la fase de solvente circundante. Nuestro modelo allana el camino para simular coacervados y condensados biomoleculares en una amplia gama de condiciones, con resolución cercana a la atómica.