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긴 읽기 서열의 정확도와 가용성의 향상은 이제 하이브리드(즉, 짧은 및 긴 읽기) 조합 접근 방식을 사용하여 완전한 박테리아 게놈이 일상적으로 재구성됨을 의미합니다. 완전한 게놈은 단일 염기 변이(SNVs) 이상의 박테리아 진화와 유전체 변이를 더 깊이 이해하는 데 도움을 줍니다. 또한, 의료적으로 중요한 항균 저항(AMR) 유전자를 자주 보유한 플라스미드 식별에 필수적입니다. 그러나 소형 플라스미드는 긴 읽기 조합 알고리즘에 의해 종종 놓치거나 잘못 조합됩니다. 여기서 우리는 긴 읽기를 우선적으로 조합하는 접근 방식을 사용하여 거의 완벽한 완전 박테리아 게놈을 빠르고 자동으로 확장 가능하게 회수할 수 있는 하이브랙터를 소개합니다. 하이브랙터는 하이브리드 조합기로 또는 긴 읽기 전용 조합기로 실행할 수 있습니다. 우리는 기존의 자동 하이브리드 및 긴 읽기 전용 조합 도구와 다양한 긴 읽기 정확도 수준의 샘플 패널을 사용하여 수동으로 선별된 기준 참조 게놈과 비교했습니다. 하이브랙터가 하이브리드 조합기로서 기존의 금 표준 자동 하이브리드 조합기인 유니사이클러보다 더 정확하고 빠르다는 것을 입증합니다. 또한, 하이브랙터가 긴 읽기 전용으로는 가장 정확한 긴 읽기 전용 조합기이며 소형 플라스미드를 정확하게 회수하는 하이브리드 방식과 비교할 수 있음을 보여줍니다.
Bouras et al. (수요일) 이 질문을 연구했습니다.