Evaluación sistemática de subunidades de ISWI muestra que NURF crea accesibilidad local para CTCF

Resumen La actividad catalítica de la familia de remodeladores del interruptor de imitación (ISWI) es crítica para la organización nucleosomal y la unión del ADN de ciertos factores de transcripción, incluida la proteína aislante CTCF. Aquí definimos la contribución de subcomplejos individuales al derivar un panel de líneas celulares madre de ratón isogénicas, cada una careciendo de una de seis subunidades accesorias de ISWI. Las deleciones individuales de subunidades de los subcomplejos CERF, RSF, ACF, WICH o NoRC solo afectan moderadamente el paisaje de la cromatina, mientras que la eliminación de la subunidad específica de NURF BPTF conduce a una fuerte reducción en la accesibilidad de la cromatina y la localización de ATPasa SNF2H alrededor de los sitios de CTCF. Esto afecta la ocupación de nucleosomas adyacentes y la unión de CTCF. En un grupo de sitios con accesibilidad de cromatina reducida, la unión de CTCF persiste, pero la ocupación de cohesina se reduce, lo que resulta en una disminución de la aislamiento. Estos resultados sugieren que la unión de CTCF puede separarse de su función como aislante en la organización nuclear e identifican un papel específico para NURF en la mediación de la localización de SNF2H y la apertura de la cromatina en los sitios de CTCF unidos.