Terapötik Hedef Enzimlerde (MAO, LOX, COX, ACE, Üreaz) Erişim Tünelleri ve Ligand Çıkış Yollarının Haritalanması: Doğal Ürün Kaynaklı İnhibitörlere Odaklanan Sistematik Bir Derleme

Amaç: Bu sistematik derlemenin amacı; terapötik açıdan önemli beş enzimde (monoamin oksidaz MAO, lipoksijenaz LOX, siklooksijenaz COX, anjiyotensin dönüştürücü enzim ACE ve üreaz) substrat/inhibitör erişim tünellerinin hesaplamalı haritalanmasına ilişkin literatürü PRISMA kılavuzu çerçevesinde sistematik olarak değerlendirmek ve tünel geometrisi ile doğal ürün kaynaklı inhibitörlerin bağlanma kinetiği arasındaki korelasyonu ortaya koymaktır.Gereç ve Yöntem: Sistematik tarama; PubMed, Scopus, Web of Science ve Google Scholar veri tabanlarında, 1 Ocak 2000 ile 31 Mart 2025 tarihleri arasında yayımlanan İngilizce ve Türkçe makaleleri kapsayacak şekilde gerçekleştirilmiştir. Arama stratejisi; hedef enzim adları (MAO, LOX, COX, ACE, üreaz) ile “access tunnel”, “ligand egress”, “CAVER”, “molecular dynamics”, “natural product inhibitor” ve “bottleneck” anahtar kelimelerinin Boolean operatörleri kullanılarak kombinasyonlarından oluşturulmuştur. Çalışma sürecinde PRISMA 2020 kontrol listesine tam uyum sağlanmıştır. Birincil arama kriterlerine ek olarak, tartışma bölümünde ele alınan Anadolu tıbbi bitkilerine dair spesifik literatür, genel doğal ürün inhibitörleri taraması içerisinden manuel olarak sınıflandırılmış ve analize dahil edilmiştir.Bulgular: Toplam 2.847 kayıt taranmış ve kriterlere uygun 89 çalışma dahil edilmiştir. İncelenen tüm enzimlerin 1,2–2,3 Å aralığında darboğaz yarıçapına sahip dinamik kapılı tünelleri olduğu belirlenmiştir. Doğal ürün inhibitörlerinin (kurkumin, kuersetin, berberin, baikalein, harmalin, gingerol, oleuropein, allisin, AKBA, resveratrol) tünel geometrisi ile uyumlu farmakokinetik profiller sergilediği görülmüştür. Özellikle COX-2 enziminde; darboğaz yarıçapı ile kalış süresi arasında ters bir korelasyon (niteliksel bir ters ilişki) gözlenmiştir.Sonuç: Enzim erişim tünellerinin geometrik ve fizikokimyasal özellikleri, doğal ürün kaynaklı inhibitörlerin etkinliğini doğrudan etkilemektedir. Bu sistematik derleme, bütünleyici tıp perspektifinden hesaplamalı enzimoloji ile fitoterapi arasında moleküler bir köprü kurarak, geleneksel tıpta kullanılan bitkisel bileşiklerin etki mekanizmalarına açıklama getirmektedir.