Cena: Inferindo módulos ceRNA específicos de subtipo no câncer de mama

Resumo Contexto A heterogeneidade do câncer de mama representa um desafio fundamental para o manejo clínico, manifestando-se tanto na diversidade de subtipos moleculares quanto em módulos gênicos funcionalmente distintos. RNAs longos não codificantes (lncRNAs) que atuam como RNAs endôgenos competidores (ceRNAs) ou esponjas de microRNA (miRNA) estão surgindo como biomarcadores no câncer de mama. A identificação precisa de módulos ceRNA específicos de subtipo pode contribuir para a medicina de precisão no câncer de mama. Resultados Neste trabalho, propomos uma nova estrutura Cena (Módulos ceRNA específicos de subtipo) para inferir módulos ceRNA específicos de subtipo relacionados a lncRNA a partir de dados heterogêneos, incluindo dados de expressão gênica e informações prévias sobre alvos de miRNA. Para cinco subtipos de câncer de mama, a maioria dos módulos ceRNA tende a ser única. Em 22 módulos ceRNA específicos do câncer de mama, 20 módulos ceRNA estão significativamente enriquecidos em vários processos biológicos ou vias, indicando que esses módulos desempenham funções biológicas distintas em diferentes subtipos. A análise de sobrevivência indica ainda que todos os módulos ceRNA identificados servem como biomarcadores prognósticos potenciais capazes de discriminar entre grupos de câncer de mama de alto e baixo risco. Além disso, a análise de classificação mostra que todos os módulos ceRNA inferidos funcionam como biomarcadores diagnósticos potenciais para distinguir subtipos de câncer de mama. Por fim, a análise de infiltração imune revela que todos os módulos ceRNA identificados mostram correlação significativa com um ou mais tipos de células imunes, sugerindo seu potencial envolvimento na regulação imune dentro do microambiente tumoral. Conclusões Este estudo oferece uma nova perspectiva para investigar o mecanismo molecular dos subtipos de câncer de mama e estabelece uma base teórica para o desenvolvimento de biomarcadores específicos de subtipo do câncer de mama.