Triagem Bioinformática com Validação Clínica para a Identificação de Novos Biomarcadores de mRNA Baseados em Fezes para a Detecção de Lesões Colorretais Incluindo Lesões Precoces Avançadas

Resumo Biomarcadores de RNA mensageiro (mRNA) baseados em fezes representam uma abordagem promissora para o diagnóstico do câncer colorretal (CCR) e lesões precoces avançadas (LA). Mas não está claro quais biomarcadores de mRNA têm a maior utilidade clínica. Este estudo visa preencher parcialmente essa lacuna realizando uma análise que primeiro classifica genes com base em seus perfis de expressão em conjuntos de dados de tecido em RNA-seq. O desempenho diagnóstico dos 20 genes mais bem classificados foi então testado usando 113 amostras clínicas (CCR N=33, LA N=28, Controles N=53). Quatorze dos genes apresentaram expressão diferencial significativa nas fezes de pacientes com CCR em comparação com os controles (taxa de descoberta falsa ou FDR < 0,05). O coeficiente de correlação de Pearson entre a expressão tecidual e a de fezes foi de 0,57 (p-valor = 0,007). O desempenho combinado dos 20 genes em amostras clínicas de fezes teve uma área sob a curva do operador receptor (AUC) de 0,94 para a detecção de CCR (sensibilidade 75,5%, especificidade 95%) e uma AUC de 0,83 (sensibilidade 55,8%, especificidade 92,6%) para a detecção de LA. A capacidade de usar conjuntos de dados transcriptômicos públicos existentes para identificar genes candidatos promissores pode reduzir substancialmente o custo e o esforço necessários para a triagem de biomarcadores de mRNA clinicamente úteis.