Descoberta Baseada em BSA-Seq de Marcadores InDel Funcionais para Seleção do Tamanho da Semente em Lichia (Litchi chinensis Sonn.)

Como uma cultura frutífera de importância global, a lichia (Litchi chinensis Sonn.) exibe uma variação substancial no tamanho da semente, que é um determinante essencial da qualidade do fruto. No entanto, a falta de marcadores moleculares estreitamente associados a características relacionadas à semente tem dificultado os esforços de melhoramento direcionado. Neste estudo, avaliamos sistematicamente seis características críticas — peso do fruto individual, peso da semente, comprimento da semente, largura da semente, taxa de porção comestível e razão entre o peso da semente e do fruto — em 131 acessos de lichia de maturação precoce. A análise de agrupamento hierárquico (HCA) e a análise de componentes principais (PCA) revelaram uma clara bifurcação desses acessos em dois grupos distintos com base em características relacionadas ao tamanho da semente. Usando sequenciamento de análise de segregantes agrupados (BSA-seq), identificamos uma região genômica candidata (24,93–25,69 Mb) no cromossomo 5, potencialmente reguladora do tamanho da semente de lichia. Dentro dessa região, 1600 polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) e 314 mutações de inserção/deleção (InDels) exibiram divergências significativas entre os pools extremos. Para validar esses achados, realizamos uma triagem baseada em PCR em 87 acessos de lichia. Dois marcadores InDel demonstraram fortes associações fenotípicas: Chr5₂5610680InDel apresentou correlações altamente significativas com peso da semente, taxa de porção comestível, comprimento da semente, largura da semente e razão entre o peso da semente e do fruto, explicando 22,60–35,54% da variação fenotípica. Enquanto isso, Chr5₂5585686InDel associou-se significativamente com o peso da semente e a taxa de porção comestível, sendo responsável por 18,66% e 18,94% da variação fenotípica, respectivamente. Esses achados fornecem marcadores moleculares valiosos para o melhoramento assistido por marcadores do tamanho da semente de lichia, oferecendo uma via promissora para o avanço do melhoramento de precisão nesta cultura economicamente importante.