Avaliação comparativa de primers e técnicas de extração de DNA para amplificação de 16s rDNA de isolados bacterianos de efluente industrial petroquímico

A investigação se aprofundou em uma avaliação comparativa de primers empregados na reação em cadeia da polimerase (PCR) para amplificar DNA bacteriano oriundo de diversos locais de amostragem dentro do efluente da Indústria Petroquímica de Eleme. Duas metodologias de extração, a saber, precipitação em etanol e tampão de tiocianato de guanidina etilenodiamino tetra-acético (EDTA) sarcosil (GES), foram examinadas. A análise comparativa do rendimento e qualidade do DNA indicou uma recuperação superior com o método GES em contraste com a extração em etanol. Os isolados bacterianos proeminentes, Pseudomonas e Bacillus, apresentaram rendimentos de 611,6 e 615,5 ng/μl e qualidade de DNA de 25,35 e 24,55 ng/μl (260/280), 28,99 e 31,43 (260/230) usando GES. Por outro lado, a precipitação em etanol rendeu 90,2 e 0,2 ng/μl com qualidade de DNA de 1,65 e 0,21 (260/280), 1,57 e 0,00 (260/230) para Pseudomonas e Bacillus, respectivamente. A amplificação bem-sucedida, validada através de brometo de etídio em eletroforese em gel de agarose a 1%, foi alcançada. A identificação em nível de gênero dos organismos bacterianos isolados abrangeu Pseudomonas, Bacillus, Serratia, Micrococcus, Escherichia, Klebsiella, Vibrio, Proteus, Achromobacter, Citrobacter e Flavobacterium. A avaliação comparativa dos primers de PCR revelou V6V8F e V6V8R como os mais adequados para amplificar DNA bacteriano. Esses primers facilitaram a amplificação de fragmentos de 16S rDNA de todos os isolados bacterianos com um tamanho esperado de 500 pares de bases.