Definindo as Dinâmicas da Comunidade Vaginal: transições diárias do microbioma, o papel da menstruação, bacteriófagos e genes bacterianos

FUNDAMENTAÇÃO: A composição da microbiota vaginal durante o ciclo menstrual é dinâmica, com algumas mulheres permanecendo eu- ou disbióticas e outras transitando entre esses estados. O que define essas dinâmicas e se essas diferenças são intrínsecas ao microbioma ou principalmente impulsionadas pelo hospedeiro é desconhecido. Para abordar isso, caracterizamos 49 mulheres jovens e saudáveis através de sequenciamento metagenômico de swabs vaginais diários durante um ciclo menstrual. Classificamos as dinâmicas do microbioma vaginal e avaliamos o impacto do comportamento do hospedeiro, bem como as diferenças do microbioma em níveis de espécie, cepa, gene e fago. RESULTADOS: Com base nas mudanças diárias nos tipos de estado da comunidade (CSTs) durante um ciclo menstrual, o microbioma vaginal foi classificado em quatro Dinâmicas da Comunidade Vaginal (VCDs) e relatado em uma ferramenta de classificação, chamada VALODY: eubiótico constante, disbiótico constante, relacionado à menstruação e disbiótico instável. A abundância de bactérias, fagos e conteúdo gênico bacteriano foi comparada entre as quatro VCDs. Mulheres com diferentes VCDs mostraram diferenças significativas na abundância relativa de fagos e na composição bacteriana mesmo quando atribuídas ao mesmo CST. Mulheres com VCDs instáveis apresentaram contagens de fagos mais altas e foram mais propensas a serem dominadas por L. iners. Suas cepas de Gardnerella spp. também tiveram maior probabilidade de abrigar genes codificadores de bacteriocina. CONCLUSÕES: As VCDs apresentam uma nova classificação de séries temporais que destaca a complexidade de variados graus de disbiose vaginal. Conhecer as diferenças nas abundâncias de genes de fago e nas cepas genômicas presentes permite uma compreensão mais profunda da iniciação e manutenção da disbiose permanente. Aplicar as VCDs para caracterizar ainda mais os diferentes tipos de dinâmicas do microbioma qualifica a investigação de doenças e possibilita comparações em níveis individuais e populacionais. Com base em nossos dados, para classificar adequadamente uma amostra disbiótica na VCD precisa, os clínicos precisariam de duas a três amostras de meio ciclo e duas amostras durante a menstruação. No futuro, será importante abordar se VCDs transitórios apresentam um perfil de risco semelhante à disbiose persistente com desfechos clínicos semelhantes. Este framework pode auxiliar equipes interdisciplinares de tradução a decifrar o papel do microbioma vaginal na saúde e reprodução feminina. Resumo em Vídeo.