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O desenvolvimento de protocolos de extração de DNA genômico (gDNA) de alto peso molecular (HMW) para espécies não-modelo é essencial para explorar completamente as tecnologias de sequenciamento de leitura longa, a fim de gerar montagens de genoma que possam ajudar a responder a questões complexas sobre esses organismos. Obter uma quantidade suficiente de gDNA HMW de alta qualidade pode ser desafiador para essas espécies, especialmente para tecidos ricos em polissacarídeos, como a biomassa de espécies do gênero Botryococcus. Os protocolos existentes baseados em extração de DNA por coluna e kits de lise bioquímica podem ser ineficazes e podem não ser úteis devido às variações no conteúdo de polissacarídeos da biomassa. Desenvolvemos um protocolo otimizado para a extração eficiente de gDNA HMW a partir da biomassa de Botryococcus para uso em tecnologias de sequenciamento de leitura longa. O protocolo utilizou uma etapa inicial de lavagem com sorbitol para remover polissacarídeos e rendeu concentrações de gDNA HMW de até 220 ng/μL com alta pureza. Em seguida, demonstramos a adequação do gDNA HMW isolado por este protocolo para sequenciamento de leitura longa na plataforma Oxford Nanopore PromethION para três espécies de Botryococcus. Nosso protocolo pode ser utilizado como um padrão para extração eficiente de gDNA HMW em microalgas ricas em polissacarídeos e pode ser adaptado para outras espécies desafiadoras.
Cornejo-Corona et al. (Quarta-feira) estudaram essa questão.